水戸光圀の寄進と伝えられる古松・老杉の参道を抜け仁王門をくぐると、境内では桜・楓などの古木が四季折々の表情を見せてくれます。本土寺は別名「あじさい寺」といわれ、初夏には紫陽花や花菖蒲の名所として有名ですが、秋にはあざやかな赤に染まったたくさんのモミジが境内を彩ります。

　このほかにも春の桜、冬の蝋梅も美しく、市内屈指の花の名所として、たくさんの参拝者が訪れています。